Die Brennerei wurde 1832 von Steward, Galbraith & Co.unter dem Namen Scotia Distillery gegründet. Sie hat seitdem eine wechselhafte Geschichte hinter sich und hatte immer wieder Phasen, in den sie über Jahre hinweg nicht produzierte. Wie bei vielen anderen Destillerien auch, liefen die Geschäfte bis zum Ende des 19. Jahrhunderts sehr gut, so dass eine weitere Destillerie, die Glen Nevis Distillery, hinzugekauft werden musste, um die hohe Nachfrage bedienen zu können. 1919 dann wurde die Destillerie an die West Highland Malt Distillers Ltd. (W.H.M.D.) übergeben, die bereits andere Brennereien der Halbinsel Kintyre besass. Wenige Jahre später dann ging die Firma bankrott und sämtliche ihrer Destillerien – neben Glen Scotia noch Glengyle, Dalintober, Kinloch und die Ardlussa Distillery – mussten geschlossen werden. Ein 1924 unternommener Versuch des ehemaligen W.H.M.D-Mitglieds Dancun MacCallun, Glen Scotia wieder zum Leben zu erwecken, scheiterte bereits 1928. Acht Jahre später übernahmen Bloch Brothers Limited das Geschäft; ihnen gehörte bereits die Scapa Distillery. Es folgte eine recht erfolgreiche Zeit, bis 1954 die Destillerie an den durch den Canadian Club-Whiskey bekannt gewordenen Hiram Walker verkauft wurde. Bereits ein Jahr später wechselte sie erneut den Besitzer und fiel an die Firma A. Gillier & Co, die selbst von Amalgamated Distillers Products Ltd. 1970 übernommen wurde. In den Jahren 1979 bis 1982 wurde die Destillerie umfassend renoviert, die Produktion jedoch 1984 ausgesetzt. Erst mit dem Erwerb der Brennerei durch Gibson International wurde die Produktion 1989 wieder aufgenommen. Auch diese Firma scheiterte schliesslich und musste 1994 Konkurs anmelden. Der Abfüller Glen Catrine Bonded Warehouse kaufte die Konkursmasse, bestehend aus der Brennerei und dem gelagerten Whisky, nahm allerdings die Produktion erst im Jahre 2000 wieder auf. Seit 2014 gehört Glen Scotia zusammen mit dem Glen Catrine Bonded Warehouse und der Brennerei Loch Lomond zur Loch Lomond Group.